大きいイベントが開催されている期間中は電車の運行が変則的になり、
愛知万博も例に漏れず、臨時列車が運行されて発車ホームが変更になるなど、
一般利用者に不便を強いる運用になってしまう。

まず一般利用者にとって大きな問題になるのは、
愛知万博直通列車のエキスポシャトルだ。
普通エキスポシャトルは、普通電車と同様に各駅に停車するが、
快速エキスポシャトルが曲者で、快速が停車する駅の一部には停車しない。

普通電車しか停車しない駅に急ぎたい場合は、快速が停車する駅まで快速を使い、
普通電車に乗り換えるといった行動を取るのが自然だが、
こうした利用法を取ろうとすると大いに嵌る。

また、突然のホーム変更や出発順序変更などが頻発した。
通常は快速・普通・快速と交互に出るのだが、
この期間は快速・特急・快速・普通などエキスポシャトルに配慮した順序で出発する場合がある。
時間帯によって、中央線ホームから出発する列車全てが快速になり、
普通電車は三重方面のホームを間借りして運用される。
このような特殊な運用により、普通電車の本数が極端に少なくなった。

尤も、このような苛立った文章を書いているのは、
急いでいたところで、「快速・特急・快速・普通」の最悪ケースのダイヤと、
乗車した電車が快速エキスポシャトルだったせいで散々な目に遭ったため。